Mục tiêu hàng đầu mà Viện đặt ra là: Tạo tri thức khoa học mới trong lĩnh vực nghiên cứu; Tạo công nghệ mới có tính ứng dụng cao; Chuyển giao và thương mại hóa các công nghệ mà tổ chức phát triển được. Các mục tiêu ưu tiên của Viện tập trung mạnh vào nghiên cứu và ứng dụng kết quả nghiên cứu, phù hợp với chức năng của Viện.

Để kết quả nghiên cứu đi vào với thực tiễn sản xuất nhanh nhất, Viện luôn song hành cùng với các doanh nghiệp. Các kết quả nghiên cứu thu được đều được đánh giá cao, nhiều đề tài, dự án đã chuyển giao công nghệ cho các doanh nghiệp và tổ chức sản xuất tại Viện. Hoạt động khoa học và công nghệ của Viện đã được các cơ quan quản lý nhà nước như Bộ Công Thương, Bộ Khoa học và Công nghệ, Sở Khoa học và Công nghệ Hà Nội đánh giá tốt, đây là một trong các cơ sở nghiên cứu mạnh trên cả nước.

Trong giai đoạn 2016-2018, Viện Công nghiệp thực phẩm đã đạt được những kết quả đáng kể. Cụ thể tổng số công bố khoa học giai đoạn này là 110 công bố trong và ngoài nước, nằm trong nhóm Viện có nhiều công bố nhất. Thể loại công bố đa dạng như có tới 13 bài viết trên các tạp chí trong nước; sách, chương sách có 01 công bố; Công trình nghiên cứu chuẩn bị công bố 26 kết quả; 15 bài trình bày tại hội thảo trong nước; 51 bài đăng trên các tạp chí quốc tế, 4 bài trình bày tại hội thảo quốc tế. Kết quả này tốt nhất trong số các Viện khảo sát.

Về số lượng công bố quốc tế, Viện có 55 bài đăng trên tạp chí khoa học nước ngoài, đứng đầu trong tổng số các viện. Số công bố khoa học/cán bộ nghiên cứu của Viện đạt mức 1,05 công bố/mỗi cán bộ nghiên cứu, đây là một con số khá cao. Đánh giá về đầu ra nghiên cứu khoa học, có thể nói Viện Công nghiệp Thực phẩm là Tổ chức nắm được trình độ nghiên cứu khoa học tiên tiến của thế giới, và Kết quả nghiên cứu được thế giới công nhận.

Trong 5 năm, từ 2014-2018, tổng số đầu ra công nghệ của Viện là 77 kết quả, trong đó có 11 công nghệ đã được cấp bằng sở hữu trí tuệ; 14 công nghệ mới do Viện phát triển; 26 công nghệ đã được chuyển giao và thương mại hóa. Cũng trong thời gian này, Viện đã tiến hành thương mại hóa 26 công nghệ, thu về 8.820 triệu đồng. Các lĩnh vực chuyển giao cũng rất đa dạng. Hoạt động hợp tác quốc tế của Viện cũng mang lại hiệu quả thông qua việc ký kết các hợp đồng hợp tác với đối nước ngoài.

Không chỉ vậy, các hoạt động dịch vụ khoa học và công nghệ của Viện cũng rất đa dạng, bao gồm đào tạo, nghiên cứu khoa học, phân tích, kiểm nghiệm, giám định, phân tích chất lượng sản phẩm, nguyên liệu thực phẩm, cung cấp men giống. Doanh thu từ hoạt động dịch vụ giai đoạn 2014 – 2018 xấp xỉ 678.220 triệu đồng.

Về kết quả hoạt động đào tạo, từ năm 2016-2018, Viện đã tổ chức 9 lớp đào tạo, tập huấn ngắn hạn cho doanh nghiệp. Nội dung đào tạo của Viện phong phú và trở thành dịch vụ thường xuyên của nhiều doanh nghiệp thông qua việc duy trì hợp đồng đào tạo qua nhiều năm liên tục.

Hợp tác của Viện với các tổ chức, doanh nghiệp trong giai đoạn này có nhiều kết quả tốt. Viện có 18 đoàn ra/vào quốc tế, đã ký kết 5 thỏa thuận và hợp đồng hợp tác quốc tế với giá trị 13,8 tỷ đồng. Viện ký kết 11 hợp đồng hợp tác trong nước với giá trị 10,2 tỷ đồng. Với kết quả trên, đánh giá về hợp tác quốc tế của Viện là rất tốt.

Để đạt được những kết quả kể trên, có thể thấy được rằng Viện có thế mạnh về cơ cấu tổ chức, phù hợp với kiểu đơn vị nghiên cứu, tỷ lệ cán bộ nghiên cứu lớn hơn mức trung bình của các Viện. Xét theo trình độ của cán bộ, Viện là đơn vị có tỷ lệ cán bộ có trình độ Tiến sĩ trở lên rất cao so với các Viện khác. Đây là một thế mạnh trong triển khai các hoạt động nghiên cứu, giúp đảm bảo chất lượng các hoạt động nghiên cứu khoa học và công nghệ. Tuy nhiên cũng còn một số điểm Viện cần tiếp tục điều chỉnh để có thể phát huy hết các tiềm năng, như cần đề ra chiến lược phát triển cụ thể, để từ đó xác định các mục tiêu, nhiệm vụ ưu tiên trong từng giai đoạn nhất định. Có như vậy mới có thể đảm bảo hoạt động đúng định hướng; đồng thời, tạo điều kiện cho việc giám sát, đánh giá kết quả thực hiện.

Trong thời gian tới, Viện cần nhanh chóng xây dựng Chiến lược và các định hướng ưu tiên phát triển trong giai đoạn tiếp theo trên cơ sở đánh giá xu hướng phát triển công nghệ, nhu cầu của thị trường và đặc biệt là thế mạnh hiện có. Việc xác định các lĩnh vực ưu tiên, sản phẩm khoa học công nghệ trọng điểm để nghiên cứu, chuyển giao, thương mại hóa làm căn cứ để cơ cấu lại hệ thống đơn vị chuyên môn, phân bố nguồn nhân lực và tìm kiếm các nguồn lực tài chính phù hợp. Ngoài ra, còn phải đẩy mạnh kết quả phát triển và thương mại hóa công nghệ, cần có cơ chế khuyến khích các cán bộ nghiên cứu đăng ký bằng sáng chế thông qua việc tài trợ kinh phí, xây dựng các quy tắc chia sẻ lợi nhuận khi bằng sáng chế được bán hoặc cấp phép, thực hiện đo lường kết quả công nghệ thông qua bằng sáng chế. Tiếp tục cải thiện kết quả nghiên cứu khoa học, đẩy mạnh hoạt động dịch vụ khoa học và công nghệ thông qua việc nâng cao chất lượng dịch vụ, đẩy mạnh các dịch vụ tư vấn, chuyển giao công nghệ kết hợp với đào tạo chuyển giao công nghệ cho doanh nghiệp, và nâng cao hiệu quả hoạt động hợp tác quốc tế.