Theo Quyết định 28/2022/QĐ-UBND, Sở Y tế Hà Nội được giao là cơ quan đầu mối thường trực Ban Chỉ đạo công tác an toàn thực phẩm Thành phố (gọi tắt là Ban Chỉ đạo) có trách nhiệm tham mưu, giúp Ban Chỉ đạo hoạch định những vấn đề có tính chiến lược để chỉ đạo thực hiện hiệu quả công tác an toàn thực phẩm thuộc lĩnh vực quản lý. Đồng thời, tham mưu, giúp Ban Chỉ đạo xây dựng chương trình, kế hoạch, các văn bản chỉ đạo thực hiện công tác an toàn thực phẩm, kiện toàn Ban Chỉ đạo; theo dõi giám sát và tổng hợp báo cáo định kỳ, đột xuất về tình hình, kết quả thực hiện công tác bảo đảm an toàn thực phẩm của các sở, ngành, đoàn thể, UBND cấp huyện theo kế hoạch của UBNDThành phố, trình Ủy ban nhân dân Thành phố và Bộ Y tế. 

Bên cạnh đó, Sở Y tế có trách nhiệm đảm bảo thông tin giữa Ban Chỉ đạo với các sở, ngành, địa phương và Trung ương; tổng hợp các vấn đề vướng mắc về văn bản quy phạm pháp luật thuộc lĩnh vực an toàn thực phẩm trên địa bàn cũng như thực hiện các nhiệm vụ khác theo quy định của pháp luật và nhiệm vụ do Trưởng Ban Chỉ đạo giao.

Ngoài ra, Sở Y tế quản lý an toàn thực phẩm trong suốt quá trình sản xuất, sơ chế, chế biến, bảo quản, vận chuyển, kinh doanh và cơ sở sản xuất, chế biến, kinh doanh đối với sản phẩm thực phẩm; chịu trách nhiệm quản lý nhà nước về an toàn thực phẩm đối với các cơ sở sản xuất, kinh doanh thực phẩm thuộc phạm vi quản lý có tiến hành hoạt động thương mại điện tử.

Cũng theo Quyết định 28/2022/QĐ-UBND, Sở Y tế giao Chi cục An toàn vệ sinh thực phẩm quản lý, cấp, thu hồi giấy chứng nhận cơ sở đủ điều kiện an toàn thực phẩm; tổ chức tiếp nhận, quản lý hồ sơ, cấp giấy tiếp nhận đăng ký bản công bố sản phẩm, giấy xác nhận nội dung quảng cáo; tuyên truyền phổ biến kiến thức về an toàn thực phẩm; thanh kiểm tra; hậu kiểm; giám sát; kiểm nghiệm các thực phẩm lưu thông trên thị trường, xử lý vi phạm, truy xuất nguồn gốc sản phẩm thực phẩm đối với các cơ sở thuộc lĩnh vực quản lý theo phân cấp;...

UBND thành phố Hà Nội cũng giao trách nhiệm cho Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Sở Công Thương, UBND cấp huyện, cấp xã và các sở, ban, ngành, cơ quan thông tin truyền thông. Đồng thời, đề nghị Ủy ban Mặt trận Tổ quốc Việt Nam thành phố Hà Nội, các hội, đoàn thể thành phố phối hợp giám sát, tuyên truyền, vận động an toàn thực phẩm, phát động các phong trào bảo đảm an toàn thực phẩm gắn với cuộc vận động xây dựng làng, xã văn hóa ở khu dân cư, nhằm thúc đẩy hình thành hành vi sản xuất, chế biến, kinh doanh, tiêu dùng các sản phẩm nông, lâm, thủy sản an toàn trong cộng đồng.