Phát triển kinh tế gắn với bảo vệ môi trường luôn là một vấn đề được Đảng và Nhà nước ta đặc biệt quan tâm, chỉ đạo thực hiện. Bám sát sự chỉ đạo của Trung ương, Cao Bằng luôn quan tâm thực hiện công tác bảo vệ môi trường, trong đó có hoạt động ứng dụng công nghệ sinh học trong lĩnh vực trong lĩnh vực này.

Tại Cao Bằng, việc ứng dụng công nghệ sinh học trong lĩnh vực bảo vệ môi trường chủ yếu nghiên cứu, ứng dụng các giải pháp công nghệ sinh học trong xử lý ô nhiễm môi trường. Trong đó đã triển khai một số mô hình ứng dụng chế phẩm sinh học EM để xừ lý chất thải, cải thiện ô nhiễm môi trường.

Trên địa bàn tỉnh Cao Bằng hiện nay có 02 cơ sở ứng dụng công nghệ sinh học trong lĩnh vực bảo vệ môi trường, gồm: Một là: Cơ sở sản xuất chế phẩm sinh học Quý Nhân của ông Nguyễn Văn Nhân tại xóm An Phú, xã Bế Triều, huyện Hoà An, tỉnh Cao Bằng đang sản xuất ra chế phẩm sinh học Quý Nhân trên cơ sở kỹ thuật vi sinh vật hữu hiệu (EM) của Nhật Bản. Đây là cơ sở sản xuất với quy mô hộ gia đình, công suất khoảng 5.000 - 10.000 tấn/năm. Chế phẩm đã được đưa vào sử dụng ở nhiều vùng nhất là vùng đồng huyện Hoà An và khu vực thành phố Cao Bằng. Chế phẩm sinh học Quý Nhân có 03 tác dụng: Làm sạch môi trường, chế biến phân hữu cơ sinh học, làm thuốc trừ sâu từ lá cây.

Hai là: Công ty Mía đường Cao Bằng đã tận dụng bùn mía và tro lò hơi trong sản xuất mía đường sau đó ủ lên men để sản xuất phân bón hữu cơ vi sinh. Sản phẩm được đưa vào sử dụng trên địa bàn toàn tình.

Việc ứng dụng công nghệ sinh học để làm phân vi sinh xử lý ô nhiễm môi trường trên địa bàn tỉnh trong thời gian qua đã góp phần quan trọng thúc đẩy sản xuất nông, lâm, ngư nghiệp và bảo vệ môi trường.

Tuy nhiên, hiện nay Cao Bằng chưa có nhiều công ty, doanh nghiệp, cá nhân trên địa bàn tỉnh nghiên cứu ứng dụng công nghệ sinh học trong lĩnh vực bảo vệ môi trường; Việc xây dựng các cơ chế, chính sách cũng như việc bổ trí kinh phí nhằm khuyến khích, thúc đẩy việc phát triển và ứng dụng công nghệ sinh học còn hạn chế; Công nghệ sinh học là một lĩnh vực công nghệ cao nhưng cơ sở vật chất kỹ thuật phục vụ nghiên cứu, ứng dụng công nghệ sinh học còn nhiều hạn chế; những kết quả nghiên cứu, phát triển và ứng dụng công nghệ sinh học vào các lĩnh vực sản xuất, đời sổng ở các ngành, các cấp thời gian vừa qua hiệu quả chưa cao do đó công nghệ sinh học chưa đáp ứng nhu cầu ngày càng cao của phát triển kinh tế - xã hội gắn với bảo vệ môi trường. Nguồn nhân lực công nghệ sinh học còn ít về số lượng và năng lực cần tiếp tục được nâng cao.

Để nâng cao hiệu quả việc ứng dụng công nghệ sinh học trong lĩnh vực bảo vệ môi trường trên địa bàn tỉnh trong thời gian tới, Cao Bằng cần tiếp tục nghiên cứu, đề xuất cơ chế, chính sách và giải pháp nhằm thúc đẩy hoạt động nghiên cứu, phát triển và ứng dụng công nghệ sinh học trong lĩnh vực bảo vệ môi trường và  tạo điều kiện thuận lợi để doanh nghiệp đầu tư sản xuất các sản phẩm công nghệ sinh học, sản phẩm thân thiện với môi trường phù hợp với kế hoạch, mục tiêu phát triển kinh tế - xã hội của địa phương; quan tâm tổ chức nghiên cứu, phát triển và ứng dụng công nghệ sinh học trong xử lý ô nhiễm, khắc phục sự cố môi trường, cải tạo và phục hồi các hệ sinh thái, đồng thời tạo ra các công nghệ, sản phẩm thân thiện với môi trường, sản xuất nhiên liệu sinh học; Nâng cao năng lực cán bộ về công nghệ sinh học phục vụ lĩnh vực bảo vệ môi trường; Tăng cường trang thiết bị và cơ sở vật chất phục vụ công tác đào tạo, nghiên cứu khoa học, phát triển và ứng dụng công nghệ sinh học trong lĩnh vực bảo vệ môi trường.