Các tổ chức KH&CN công lập được chia thành 2 nhóm, gồm: i) Các tổ chức KH&CN công lập thuộc thẩm quyền quản lý của các bộ, cơ quan ngang bộ và cơ quan thuộc Chính phủ; và ii) Các tổ chức KH&CN công lập do địa phương quản lý. Hai nhóm này có những đặc điểm khác nhau, cụ thể:

Số lượng tổ chức KH&CN công lập phân bố không đồng đều giữa các bộ, cơ quan ngang bộ và cơ quan thuộc Chính phủ, trong đó chủ yếu tại các bộ (135/258 tổ chức) và cơ quan thuộc Chính phủ (117/258 tổ chức); không đồng đều giữa các Bộ (chỉ riêng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn - NN&PTNT đã có 56/258 tổ chức, chiếm khoảng 22%); không đồng đều giữa các cơ quan thuộc Chính phủ (2 Viện Hàn lâm có 80/258 tổ chức, chiếm khoảng 31%).

Tổ chức KH&CN công lập thuộc thẩm quyền quản lý của UBND cấp tỉnh chủ yếu trực thuộc các Sở KH&CN (124/135 tổ chức, chiếm 91,8%); tính trung bình mỗi Sở KH&CN có khoảng 2 tổ chức, tuy nhiên có 21 địa phương chỉ có 1 tổ chức KH&CN công lập. Ở các thành phố lớn, số lượng tổ chức KH&CN công lập nhiều hơn các địa phương khác, chiếm khoảng 28% số tổ chức.

Trong giai đoạn 2015-2020, công tác quy hoạch các tổ chức KH&CN ở cả Trung ương và địa phương đã đạt được những kết quả quan trọng sau:

Từ năm 2017, triển khai thực hiện Nghị quyết số 19-NQ/TW ngày 25/10/2017 về tiếp tục đổi mới hệ thống tổ chức và quản lý, nâng cao chất lượng và hiệu quả hoạt động của các đơn vị sự nghiệp công lập và Nghị quyết số 08/NQ-CP ngày 24/01/2018 của Chính phủ về Chương trình hành động của Chính phủ thực hiện Nghị quyết số 19-NQ/TW, các bộ, ngành, địa phương đã tiến hành rà soát, sắp xếp lại hệ thống tổ chức KH&CN nhằm giảm mạnh đầu mối ở các bộ, cơ quan Trung ương và địa phương, khắc phục tình trạng chồng chéo, dàn trải, trùng lắp về chức năng, nhiệm vụ, lĩnh vực nghiên cứu, gắn với quá trình cơ cấu lại ngành KH&CN. Cụ thể:

Tổng số tổ chức nghiên cứu cơ bản, nghiên cứu ứng dụng, dịch vụ KH&CN đã giảm về số lượng (Quyết định 171/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ quy định tổng số 133 tổ chức, đến thời điểm 31/12/2019 còn 128 tổ chức). Riêng 2 Đại học Quốc gia Hà Nội và TP Hồ Chí Minh có sự gia tăng về số lượng tổ chức, còn lại nhiều cơ quan không còn tổ chức KH&CN công lập trực thuộc (Tòa án nhân dân tối cao, Viện Kiểm sát nhân dân tối cao, Đài Truyền hình Việt Nam, Đài Tiếng nói Việt Nam, Thông tấn xã Việt Nam, Bộ Y tế).

Trong giai đoạn 2017-2020, hầu hết các bộ, cơ quan ngang bộ và cơ quan thuộc Chính phủ giữ ổn định về số lượng tổ chức, tập trung rà soát chức năng, nhiệm vụ, sắp xếp cơ cấu theo hướng thu gọn các đầu mối trực thuộc; đẩy mạnh thực hiện cơ chế tự chủ, từng bước chuyển các tổ chức nghiên cứu ứng dụng, dịch vụ KH&CN đủ điều kiện sang hoạt động theo mô hình doanh nghiệp hoặc cổ phần hóa; chỉ thành lập tổ chức mới trong trường hợp đặc biệt, thật sự cần thiết do yêu cầu thực tiễn. 

Số lượng tổ chức KH&CN công lập ở địa phương giảm mạnh. Theo báo cáo của các địa phương, tính đến tháng 12/2020, số tổ chức KH&CN công lập thuộc thẩm quyền quản lý của UBND tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương sau kiện toàn tổ chức còn lại 135 tổ chức.

Theo bảng xếp hạng các đơn vị nghiên cứu khoa học (SIR) do Tổ chức SCImago công bố, năm 2020 SCImago đã lựa chọn 19 tổ chức KH&CN công lập Việt Nam và xếp hạng 19 tổ chức này vào bảng xếp hạng của các đơn vị nghiên cứu khoa học trên thế giới (xem bảng). 

​

Bảng xếp hạng nêu trên cho thấy xu hướng hình thành các cơ sở giáo dục đại học đồng thời là tổ chức nghiên cứu khoa học được quốc tế xếp hạng đã trở nên rõ nét trong giai đoạn vừa qua. Đây là một trong những kết quả đáng khích lệ, thể hiện sự nỗ lực vươn lên của các tổ chức KH&CN công lập được Nhà nước hỗ trợ, đầu tư có trọng tâm, trọng điểm. 

Số lượng và trình độ của đội ngũ cán bộ nghiên cứu trong các tổ chức KH&CN công lập được cải thiện rõ rệt.

Trong những năm qua, số lượng và trình độ của đội ngũ cán bộ nghiên cứu trong các tổ chức KH&CN công lập đã được cải thiện rõ rệt. Tỷ lệ cán bộ nghiên cứu có trình độ trên đại học (tiến sỹ, thạc sỹ) trong tổng số cán bộ nghiên cứu đã tăng từ ~43,8% (2011) lên ~52,7% (2017). Trong những năm tiếp theo, các chính sách đào tạo, bồi dưỡng, thu hút, ưu đãi cán bộ nghiên cứu tiếp tục được triển khai để nâng cao tỷ lệ cán bộ nghiên cứu có trình độ cao. 

Bên cạnh những kết quả đạt được, trong giai đoạn vừa qua công tác quy hoạch các tổ chức KH&CN công lập cũng bộc lộ một số hạn chế như:

Thứ nhất, công tác quy hoạch chưa tạo thành một mạng lưới các tổ chức KH&CN mạnh, quy mô và năng lực của các tổ chức còn hạn chế, phân bố còn chưa hợp lý giữa các vùng, miền và lĩnh vực hoạt động, chức năng, nhiệm vụ còn chồng chéo. Các tổ chức KH&CN lớn chủ yếu tập trung ở Hà Nội và TP Hồ Chí Minh, trong khi các địa phương ở vùng xa, miền núi còn thiếu các tổ chức KH&CN mạnh.

Thứ hai, Việt Nam chưa có nhiều tổ chức KH&CN đạt trình độ quốc tế và khu vực. Hiệu quả hoạt động của đa số tổ chức KH&CN thấp, chưa thoát khỏi thói quen được bao cấp; số đã chuyển đổi thì vẫn gặp khó khăn trong hoạt động tự chủ. Đội ngũ cán bộ KH&CN tăng về số lượng, nhưng chất lượng và năng lực còn hạn chế; phân bố cơ cấu trình độ chưa hợp lý theo vùng, miền và lĩnh vực hoạt động; tình trạng hụt hẫng về thế hệ trong các tổ chức nghiên cứu gia tăng, số cán bộ KH&CN đủ năng lực chủ trì những nhiệm vụ KH&CN lớn, quan trọng ngày càng giảm sút.

Sở dĩ còn tồn tại một số vấn đề nêu trên là do các nguyên nhân như:

Một trong những lý do ảnh hưởng đến cấu trúc và hiệu quả hoạt động của mạng lưới các tổ chức KH&CN là tác động của các văn bản quy phạm pháp luật liên quan đến các tổ chức KH&CN và công tác quy hoạch mạng lưới. 

Để thi hành Luật KH&CN, hàng loạt văn bản pháp lý liên quan đến hoạt động của các tổ chức KH&CN đã được ban hành nhằm tạo lập cơ sở pháp lý, môi trường thuận lợi cho các tổ chức KH&CN nâng cao năng lực. Tuy nhiên, hầu hết các văn bản liên quan đến hoạt động của tổ chức KH&CN đều đề cập đến những quy định chi tiết (như loại hình, nhiệm vụ, quyền và nghĩa vụ…), chưa có văn bản mang tính chất khung quy định về hoạt động của các tổ chức KH&CN. Mỗi bộ, ngành, địa phương đều có các tổ chức KH&CN trực thuộc và quản lý các tổ chức trực thuộc theo cách riêng của mình.  Đây là trở ngại đối với việc sử dụng sức mạnh tổng hợp và tạo ra sự trùng lặp không cần thiết trong công việc cũng như lãng phí nguồn lực. 

Nhận thức đối với công tác quy hoạch ở các cấp còn hạn chế. Quy hoạch tổ chức KH&CN công lập chưa thật sự được coi là cơ sở pháp lý quan trọng, cần phải tuân thủ trong quá trình thành lập, sáp nhập, giải thể tổ chức KH&CN công lập. Công tác phổ biến nội dung của quy hoạch mạng 
lưới tổ chức KH&CN công lập, việc đánh giá, sơ kết, tổng kết thực hiện quy hoạch còn chưa được triển khai một cách thực chất tại các bộ, ngành, địa phương. 

Hệ thống quy hoạch hiện nay không thống nhất về đối tượng quy hoạch, không tương thích về thời kỳ, phạm vi, trình tự, phương pháp lập quy hoạch. Thực tế cho thấy, khi nghiên cứu lập quy hoạch phần lớn những thông tin, số liệu đầu vào phục vụ cho công tác phân tích, dự báo chưa đủ độ tin cậy, vì thế những mục tiêu, định hướng của quy hoạch thiếu thực tế, chất lượng quy hoạch không đảm bảo. Quy hoạch chủ yếu đưa ra các chỉ tiêu phát triển chung chung, thiếu tổ chức không gian phát triển hợp lý, khoa học. Hầu hết các quy hoạch được lập không phù hợp với thực tiễn và không gắn với nguồn lực thực hiện.

Theo Luật KH&CN năm 2013, Bộ KH&CN chịu trách nhiệm trước Chính phủ thực hiện thống nhất quản lý nhà nước về KH&CN trong phạm vi cả nước; xây dựng, ban hành hoặc trình cấp có thẩm quyền ban hành và tổ chức thực hiện cơ chế, chính sách, văn bản quy phạm pháp luật, chiến lược, kế hoạch phát triển KH&CN, quy hoạch hệ thống tổ chức KH&CN của Nhà nước. Tuy nhiên cơ chế phối hợp giữa Bộ KH&CN với các bộ, ngành khác còn chưa rõ ràng, dẫn đến sự chồng chéo về chức năng quản lý giữa các bộ, ngành, làm ảnh hưởng đến việc quy hoạch mạng lưới các tổ chức KH&CN. Hệ quả là số lượng tổ chức KH&CN nhiều, quy mô nhỏ, chức năng trùng lặp, dẫn đến đầu tư dàn trải và hoạt động không hiệu quả.

Ở góc độ vĩ mô, phát triển mạng lưới tổ chức KH&CN công lập giai đoạn 2021-2030 cần phải tuân thủ những quan điểm, định hướng của Chiến lược phát triển kinh tế - xã hội 2021-2030; đặc biệt là quan điểm về phát triển KH&CN trong giai đoạn 2021-2030, tầm nhìn đến năm 2050. Công tác quy hoạch cần cụ thể hóa theo ba quan điểm trụ cột: thứ nhất là đẩy mạnh quá trình tái cấu trúc nhằm nâng cao hiệu quả hoạt động của các tổ chức KH&CN công lập, phù hợp với khả năng đầu tư của ngân sách nhà nước; thứ hai là nâng cao tính tự chủ, tự chịu trách nhiệm của tổ chức KH&CN công lập nhằm thu hút đa dạng các nguồn lực đầu tư phát triển cho tổ chức KH&CN công lập; thứ ba là chú trọng phát triển đội ngũ nhân lực KH&CN, đầu tư đồng bộ cơ sở vật chất, trang thiết bị cho các tổ chức KH&CN công lập nhằm nâng cao chất lượng nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ, đáp ứng yêu cầu thực hiện nhiệm vụ KH&CN ngày càng cao trong bối cảnh hội nhập kinh tế quốc tế sâu rộng. 

Chính sách phát triển mạng lưới tổ chức KH&CN công lập đến năm 2030 cần chú trọng theo hướng: (i) Chuẩn hóa điều kiện, tiêu chuẩn xác định là tổ chức KH&CN công lập; (ii) Đầu tư phát triển cho mạng lưới tổ chức KH&CN công lập phù hợp với nền tài chính quốc gia, bảo đảm công bằng, cân đối giữa các đối tượng, đồng thời bảo đảm phát triển các hướng nghiên cứu có lợi thế của Việt Nam; (iii) Quy định rõ trách nhiệm quản lý nhà nước của bộ, ngành, địa phương và cơ quan chức năng cũng như cơ chế thanh tra, kiểm tra, giám sát đối với hoạt động KH&CN trong phạm vi quản lý; (iv) Rà soát, đánh giá thực trạng các tổ chức KH&CN công lập từ Trung ương đến địa phương để xây dựng phương án tổ chức lại trong quy hoạch mạng lưới tổ chức KH&CN công lập (sáp nhập, hợp nhất, thay đổi vị trí pháp lý, chuyển đổi mô hình hoạt động…).

Ở góc độ vi mô, cần phân tích, đánh giá yếu tố, điều kiện tự nhiên, nguồn lực, bối cảnh và thực trạng phân bố, sử dụng không gian của mạng lưới tổ chức KH&CN trên phạm vi cả nước. Trong đó, cần làm nổi bật thực trạng năng lực nghiên cứu; đánh giá, phân tích vị thế của tổ chức KH&CN Việt Nam trong khu vực và quốc tế; thực trạng tự chủ của các tổ chức KH&CN công lập. Cần có sự đánh giá về liên kết ngành, vùng trong việc phát triển mạng lưới tổ chức KH&CN công lập; xác định yêu cầu của phát triển kinh tế - xã hội đối với lĩnh vực KH&CN; những cơ hội và thách thức đối với 
quy hoạch mạng lưới tổ chức KH&CN công lập. Có như vậy công tác quy hoạch giai đoạn tiếp theo mới khắc phục được những hạn chế, vướng mắc của giai đoạn trước, đạt kết quả cao hơn, góp phần nâng cao hiệu quả công tác quản lý nhà nước về KH&CN nói chung, quy hoạch mạng lưới tổ chức KH&CN công lập nói riêng