Thực tế triển khai đến nay cho thấy, cơ chế khoán chi đến sản phẩm cuối cùng không phổ biến, chủ yếu triển khai đối với các nhiệm vụ nghiên cứu cơ bản tài trợ thông qua Quỹ Phát triển khoa học và công nghệ quốc gia (Nafosted); các nhiệm vụ chủ yếu thực hiện theo phương thức khoán chi từng phần. Mặc dù Thông tư liên tịch số 27 đã đơn giản thủ tục kiểm soát chi của Kho bạc Nhà nước, nhưng trách nhiệm kiểm soát chi lại giao cho các đơn vị quản lý kinh phí thuộc các bộ, ngành và các tổ chức chủ trì và vẫn kiểm soát chi theo dự toán đã được phê duyệt.

Khi có biến đổi về giá, hoặc cần thay đổi nội dung nghiên cứu cho phù hợp, nhà khoa học phải làm thủ tục xin điều chỉnh dự toán mất nhiều thời gian và phức tạp, qua nhiều cấp có thẩm quyền. Vì thế, nhà khoa học vẫn phải hoàn thiện các chứng từ thực thanh, thực chi cho các nội dung thanh toán, phải thực hiện các thủ tục liên quan đến đấu thầu mua sắm; khối lượng các chứng từ chi tiêu, đấu thầu mua sắm phải lưu giữ để phục vụ cho thanh tra, kiểm tra gần như không thay đổi so với phương thức khoán chi từng phần. Không ít nhà khoa học phàn nàn rằng, giấy tờ thanh toán của một số đề tài nhiều hơn báo cáo tổng kết đề tài!

​

Các nhà khoa học cho rằng, thông lệ hoạt động nghiên cứu trên thế giới chỉ hậu kiểm kết quả nghiên cứu, không kiểm tra chi tiết đầu vào mua cái gì, làm như thế nào. Như vậy mới phù hợp với đặc thù của nghiên cứu khoa học là quá trình tìm tòi, phát hiện cái mới, không thể đoán định được trước kết quả và khó thực hiện được theo dự toán.

Trong Chiến lược phát triển khoa học, công nghệ và đổi mới sáng tạo đến năm 2030 đã đề cập việc hoàn thiện hệ thống pháp luật về khoa học, công nghệ và đổi mới sáng tạo phù hợp với cơ chế thị trường và thông lệ quốc tế.

Để khoa học, công nghệ thật sự là động lực chính thúc đẩy tăng trưởng, cần đổi mới tư duy quản lý tài chính; hoạt động nghiên cứu cần được áp dụng các cơ chế đặc thù trong việc phân bổ, giao dự toán, đấu thầu, thanh quyết toán, chứng từ chi tiêu, kiểm soát chi… Nếu không, rất khó có được cơ chế tài chính thật sự đơn giản hóa, cởi trói cho các nhà khoa học trong việc thanh quyết toán kinh phí ngân sách nhà nước.

Được biết, Bộ Khoa học và Công nghệ đang phối hợp Bộ Tài chính để nghiên cứu, sửa đổi Thông tư liên tịch 27 nêu trên, đồng thời đề xuất các quan điểm giải quyết bất cập này trong dự án đề xuất sửa đổi Luật Khoa học và Công nghệ.

Vừa qua, Thủ tướng Chính phủ cũng ban hành Văn bản số 690/TTg-KVVX yêu cầu các bộ, cơ quan liên quan rà soát, tham mưu, đề xuất sửa đổi, bổ sung các cơ chế, chính sách đột phá, các giải pháp toàn diện, hiệu quả để thúc đẩy phát triển khoa học, công nghệ và khuyến khích đổi mới sáng tạo; trong đó đề cập việc ban hành cơ chế đặc thù, chấp nhận rủi ro, thất bại trong nghiên cứu khoa học, phát triển và ứng dụng công nghệ; tập trung gỡ bỏ các rào cản hành chính trong quản lý hoạt động khoa học và công nghệ.

Nhiều nhà khoa học cho rằng, để bảo đảm sử dụng hiệu quả nguồn lực tài chính cho khoa học, công nghệ và phát huy năng lực sáng tạo của nhà khoa học, cần phân cấp cho cơ quan chủ trì đề tài thành lập hội đồng khoa học và hội đồng thẩm định kinh phí.

Để thực hiện cơ chế khoán chi, không chỉ kiểm soát sản phẩm cuối cùng mà cần có sự giám sát quá trình nghiên cứu thông qua cơ chế hội thảo, với sự tham gia của cơ quan đặt hàng, cơ quan sử dụng kết quả nghiên cứu, cộng đồng khoa học…