Hiện nay, cơ chế quản lý tài chính đối với phân bổ, sử dụng chi sự nghiệp KH&CN được thực hiện theo quy định của Luật Ngân sách nhà nước (NSNN),  Luật KH&CN, Điều 14 của Nghị định số 95/2014/NĐ-CP và các thông tư của Bộ KH&CN và Bộ Tài chính. Hệ thống pháp luật này đã tương đối đầy đủ, tạo hành lang pháp lý cho việc quản lý lý tài chính cho hoạt động KH&CN.

Việc thực hiện kế hoạch và xây dựng dự toán NSNN được thực hiện theo quy định của Luật NSNN, Luật Đầu tư công, Điều 4 và Điều 5 của Nghị định số 95/2014/NĐ-CP và các văn bản hướng dẫn có liên quan. Việc phân bổ giao dự toán NSNN, quản lý và sử dụng kinh phí chi sự nghiệp KH&CN đảm bảo nguồn lực thực hiện đầy đủ, kịp thời các hoạt động KH&CN, cơ bản đáp ứng yêu cầu hoạt động của ngành KH&CN. Tuy nhiên, trong bối cảnh cân đối chi NSNN còn khó khăn, chi thường xuyên cho hoạt động KH&CN được Quốc hội thông qua trung bình trong giai đoạn 2016-2020 vào khoảng 0,79% tổng chi NSNN.

Kinh phí sự nghiệp KH&CN trung ương tập trung đầu tư để triển khai một số nhiệm vụ KH&CN cấp quốc gia, cấp bộ, trong đó nhiệm vụ cấp quốc gia trọng tâm bao gồm: (i) Triển khai thực hiện các Chương trình KH&CN cấp Quốc gia; (ii) Hỗ trợ triển khai các nhiệm vụ KH&CN thuộc các Chương trình/Đề án KH&CN trọng điểm cấp Nhà nước được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt và giao cho các Bộ ngành thực hiện; (iii) Chương trình KH&CN phục vụ Chương trình Mục tiêu quốc gia về Nông thôn mới; (iv) triển khai Chương trình ứng dụng khoa học và công nghệ phục vụ phát triển kinh tế-xã hội vùng nông thôn và miền núi; và (v) Các nhiệm vụ KH&CN trọng tâm đã được thống nhất trong Chương trình phối hợp công tác giữa Bộ KH&CN với các bộ, cơ quan trung ương và địa phương; các Chương trình trọng điểm, nhiệm vụ cấp bách do các cấp có thẩm quyền giao; tăng cường năng lực nghiên cứu và sửa chữa chống xuống cấp của các tổ chức KH&CN…

Báo cáo của Bộ KH&CN cho biết, các địa phương dành 60-70% kinh phí sự nghiệp KH&CN cho công tác nghiên cứu, ứng dụng. Với chủ trương hoạt động nghiên cứu triển khai phải tập trung theo hướng ứng dụng là chính vì thế các địa phương đã rất chú trọng công tác này, nhất là đối với các kết quả có khả năng thúc đẩy tăng năng suất, chất lượng các sản phẩm chủ lực, sản phẩm có thế mạnh của địa phương và của vùng.

Về tình hình phân bổ, sử dụng chi đầu tư phát triển cho KH&CN, theo số liệu tổng hợp báo cáo từ các địa phương, tổng ngân sách sự nghiệp chi cho đầu tư phát triển KH&CN giai đoạn 2016-2020 là 10.627,7 tỷ đồng. Thống kê theo từng vùng cho thấy, cao nhất là Vùng Đông Nam Bộ 6.544,9 tỷ đồng (chiếm 61,58%), tiếp đến vùng Đồng bằng sông Hồng 1.559,5 tỷ đồng (chiếm 14,67%), thấp nhất là vùng Nam Trung Bộ 177,7 tỷ đồng (chiếm 1,67%). 

Về trích lập và sử dụng Quỹ phát triển KH&CN của doanh nghiệp, theo thống kê của Tổng Cục thuế (Bộ Tài chính), số tiền và số doanh nghiệp trích lập Quỹ không nhiều; việc sử dụng số tiền từ Quỹ chi cho hoạt động KH&CN chỉ đạt 60%. Giai đoạn 2015-2021, số tiền trích lập Quỹ cả nước đạt trên 23.000 tỷ đồng và sử dụng trên 14.000 tỷ đồng, điều này đã góp phần thúc đẩy phát triển hoạt động KH&CN và phục vụ hoạt động sản xuất kinh doanh của doanh nghiệp. Một số doanh nghiệp đã chủ động trích lập và sử dụng hiệu quả nguồn lực này cho hoạt động KHCN&ĐMST của doanh nghiệp.

Điều 4 Nghị định số 95 quy định về nội dung chi NSNN cho KH&CN. Tuy nhiên, trong quá trình thực hiện thực tế phát hiện các nội dung chi của NSNN cho KH&CN chưa đầy đủ, chưa phù hợp với quy định của pháp luật về NSNN, pháp luật về đầu tư công cũng như đáp ứng nhu cầu thực tế phát sinh đối với các nội dung chi phục vụ hoạt động đổi mới sáng tạo (ĐMST). Cụ thể như: chưa quy định về kinh phí cải tạo, sửa chữa tài sản công nhằm nâng cấp, mở rộng tài sản công; chưa quy định về quy định về nội dung chi đầu tư phát triển cho việc xây dựng trung tâm ĐMST và trung tâm khởi nghiệp sáng tạo…

Quá trình xây dựng, lập dự toán và phân bổ dự toán NSNN cho KH&CN tại các địa phương, việc phối hợp và vai trò tổng hợp của Sở KH&CN, Sở Tài chính, Sở Kế hoạch và Đầu tư trong việc hướng dẫn và tổng hợp dự toán ngân sách KH&CN địa phương chưa đảm bảo phù hợp với quy định của Luật NSNN và Luật Đầu tư công. Quy trình phân bổ kinh phí thực hiện các nhiệm vụ KH&CN theo quy định tại khoản 3 Điều 5 Nghị định số 95 vào các Quỹ KH&CN các cấp chưa được thực hiện do các Quỹ phát triển KH&CN của bộ, ngành, địa phương theo Điều 7 của Nghị định về cơ bản chưa được thành lập.

Theo quy định tại khoản 19 Điều 4 và tại khoản 11 Điều 8 của Luật NSNN, quỹ tài chính ngoài ngân sách nhà nước phải hoạt động độc lập với NSNN, có nguồn thu, nhiệm vụ chi không trùng với nguồn thu, nhiệm vụ chi của NSNN; NSNN không hỗ trợ chi phí quản lý của Quỹ phát triển KH&CN của các bộ, ngành, tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương. Do vậy, cần thiết phải rà soát quy định tại khoản 1 Điều 7 của Nghị định 95. Rà soát quy định tại khoản 1 Điều 2 của Nghị định số 60/2021/NĐ-CP ngày 21/6/2021 của Chính phủ quy định cơ chế tự chủ tài chính của các đơn vị sự nghiệp công để xác định mô hình hoạt động của Quỹ phát triển KH&CN của các bộ, ngành, tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương được quy định tại khoản 2 Điều 7 của Nghị định 95.  Rà soát các quy định tại điểm d và điểm đ khoản 4 Điều 7 của Nghị định 95 để đảm bảo các nội dung hoạt động ủy thác của Quỹ phát triển KH&CN của các bộ, ngành, tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương phù hợp với quy định pháp luật hiện hành.

Trong thời gian qua, hành lang pháp lý về hoạt động của quỹ phát triển KH&CN của doanh nghiệp đã được hoàn thiện. Tuy nhiên, một số quy định hiện hành không còn phù hợp với các quy định liên quan hoặc thực tiễn, đòi hỏi phải tiếp tục sửa đổi, bổ sung, hoàn thiện. Các quy định liên quan đến Quỹ phát triển KH&CN của doanh nghiệp chưa đầy đủ, đồng bộ để tạo điều kiện thuận lợi cho hoạt động của loại hình doanh nghiệp có khả năng tăng trưởng cao dựa trên khoa học, công nghệ và ĐMST.

Trong quá trình quản lý kinh phí thực hiện nhiệm vụ KH&CN sử dụng NSNN, có một số bất cập phát sinh như: việc cấp kinh phí thực hiện nhiệm vụ KH&CN sử dụng NSNN thông qua hệ thống quỹ phát triển KH&CN các cấp cần rà soát đánh giá để phù hợp với các quy định pháp luật về NSNN và thực tế; tiêu chí đối với sản phẩm cuối cùng của khoán chi đến sản phẩm cuối cùng chưa phù hợp với thực tiễn và chuẩn mực quốc tế về kết quả của hoạt động nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ; vướng mắc trong quá trình thực hiện khoán chi từng phần...