Theo ông Nguyễn Phú Cường, Phó vụ trưởng Vụ Khoa học và Công nghệ, Bộ Công thương, vai trò bảo vệ môi trường của nhiên liệu sinh học được thể hiện ở nhiều khía cạnh, đặc biệt ở khâu đầu vào. Tính thân thiện với môi trường của nhiên liệu sinh học xuất phát từ đặc điểm được chiết xuất, pha chế từ nguyên liệu có nguồn gốc sinh học như ethanol, dầu mỡ động vật, không chứa hợp chất thơm nên hàm lượng lưu huỳnh thấp, không gây độc hại. Nhiên liệu sinh học khi thải vào đất bị phân hủy sinh học cao gấp 4 lần so với nhiên liệu dầu mỏ nên giảm thiểu tình trạng ô nhiễm nước ngầm. Đặc biệt, nhiên liệu sinh học có chứa ethanol, vốn được sản xuất chủ yếu từ các mặt hàng nông sản cho dầu và cho tinh bột với cơ chế hoạt động là hấp thu khí cacbonic trong quá trình quang hợp làm giảm bớt hiệu ứng nhà kính cũng như sự ấm lên của trái đất. Mặt khác, hoạt động sản xuất nông nghiệp ở Việt Nam hàng năm cũng loại bỏ khoảng 62 triệu tấn sinh khối như rơm rạ, bã mía, lõi ngô trong khi đây cũng được xem là nguồn nguyên liệu tiềm năng để chế biến nhiên liệu sinh học. Rõ ràng, việc nhiệt phân nhanh các nguyên liệu sinh khối không những góp phần tạo ra các sản phẩm xăng dầu sinh học thay thế các nhiên liệu truyền thống mà còn hạn chế tình trạng đốt bỏ rơm rạ khi thu hoạch mùa vụ vốn gây hiện tượng khói mù, ô nhiễm không khí như hiện nay.

Theo một số chuyên gia, nhiên liệu hóa thạch được tạo thành bởi quá trình phân hủy xác sinh vật chết do đó chứa hàm lượng lớn cacbon và hydrocacbon, khi đốt sẽ tạo ra nhiều khí thải là nguyên nhân gây hiệu ứng nhà kính. Trong khi đó, các chất trong nhiên liệu sinh học có hàm lượng oxi cao hơn các loại thông thường không chỉ giúp quá trình cháy trong động cơ, phương tiện diễn ra triệt để hơn, làm tăng công suất, giảm tiêu hao nhiên liệu mà còn góp phần trực tiếp vào việc giảm hiệu ứng nhà kính, giúp cho môi trường được an toàn và trong sạch. Chính vì vậy, các động cơ phương tiện khi sử dụng xăng sinh học sẽ tạo ra rất ít khí thải, ít hơn tới 20% so với các loại xăng thông dụng. Đó là lý do vì sao nhiên liệu sinh học được coi là nhiên liệu của tương lai, được cả thế giới quan tâm vì mang tới lợi ích cho người tiêu dùng và toàn xã hội.