Theo chủ trương của Chính phủ, đến năm 2015 cả nước sẽ có khoảng 3.000 doanh nghiệp khoa học công nghệ (KHCN). Các doanh nghiệp này phải phát triển trên hầu hết các lĩnh vực từ nông nghiệp, công nghiệp, dịch vụ... Về nguyên tắc, doanh nghiệp sẽ hưởng ưu đãi ngay từ lúc được công nhận là doanh nghiệp KHCN. Chứng nhận doanh nghiệp KHCN là một chính sách ưu đãi của Nhà nước nhằm tạo điều kiện thuận lợi cho các tổ chức, cá nhân triển khai ứng dụng các kết quả khoa học và công nghệ (KH&CN) vào sản xuất, kinh doanh; đẩy mạnh thương mại hóa các sản phẩm hàng hóa, là kết quả của hoạt động KH&CN; phát triển thị trường công nghệ, góp phần phát triển kinh tế - xã hội đất nước. Hiện nay, nhiều chính sách ưu đãi về thuế, vay vốn tín chấp, thuê mua đất cũng đang được Nhà nước áp dụng đối với các doanh nghiệp đăng ký chuyển đổi sang mô hình này.

Thực hiện Quyết định 1244/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ về việc phê duyệt phương hướng, mục tiêu, nhiệm vụ khoa học và công nghệ chủ yếu giai đoạn 2011 - 2015 và Quyết định số 592/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ phê duyệt Chương trình hỗ trợ phát triển doanh nghiệp KH&CN và tổ chức KH&CN công lập thực hiện cơ chế tự chủ, tự chịu trách nhiệm. Thành phố Hồ Chí Minh đang xây dựng Kế hoạch phát triển doanh nghiệp KHCN đến năm 2015 sẽ cấp được 150 giấy chứng nhận và đến năm 2020 sẽ đạt 300 doanh nghiệp KHCN. Công tác đầu tư nghiên cứu khoa học tại các doanh nghiệp trong thời gian vừa qua đã được Sở KH&CN thực hiện khá sát sao, theo định hướng chung của thành phố như: hướng dẫn các doanh nghiệp thành lập Quỹ phát triển công nghệ để triển khai các nghiên cứu tại đơn vị. Thông qua các chương trình nghiên cứu của thành phố (khoảng 20 chương trình), sở cũng đã đầu tư kinh phí nghiên cứu khoa học cho các doanh nghiệp và liên kết với các chuyên gia ở các trường, viện nghiên cứu để thực hiện các đề tài nhằm phát triển các sản phẩm mới, phát triển, đổi mới công nghệ, nâng cao năng lực quản lý để gia tăng sức cạnh tranh của doanh nghiệp.

Với doanh nghiệp KHCN, các chính sách ưu đãi của Nhà nước rất cần thiết, góp phần nâng cao vai trò của các doanh nghiệp. Tuy nhiên, theo nhiều ý kiến của doanh nghiệp, nhất thiết phải có những chính sách đặc biệt cho các doanh nghiệp KHCN như cơ chế đặt hàng công nghệ, tạo điều kiện phát triển đầu ra của sản phẩm, cải cách các thủ tục hành chính để sớm đưa kết quả nghiên cứu đến tay người tiêu dùng. Có như vậy thì doanh nghiệp mới có thể yên tâm đầu tư nghiên cứu sản xuất các sản phẩm mới.

Xác định những khó khăn của doanh nghiệp trong việc thực hiện các thủ tục, trình tự triển khai nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ, Sở KH&CN đã tư vấn, hỗ trợ doanh nghiệp triển khai các đề tài, dự án nghiên cứu theo đúng trình tự, biểu mẫu quản lý đề tài, dự án của Nhà nước nhằm đạt được kết quả nghiên cứu tốt, có hồ sơ lưu chứng rõ ràng. Mặt khác, sở cũng giúp doanh nghiệp tìm kiếm và kết nối các chuyên gia thực hiện nghiên cứu hay tư vấn, hỗ trợ thành lập hội đồng khoa học để đánh giá các kết quả đạt được trong đề tài, dự án nghiên cứu của doanh nghiệp.

Từ năm 2008 đến nay, hàng năm sở đều phối hợp với Viện sở hữu trí tuệ Việt Nam tổ chức các lớp quản trị viên tài sản trí tuệ cho đối tượng là lãnh đạo các doanh nghiệp, trong đó có các doanh nghiệp KHCN tham gia, thông qua nội dung lớp học, các doanh nghiệp hiểu rõ việc xác lập quyền, khai thác và bảo vệ các tài sản trí tuệ của công ty. Cũng thông qua các chương trình hỗ trợ doanh nghiệp như: chương trình đổi mới công nghệ, chương trình nghiên cứu KH&CN của thành phố, thành lập Quỹ phát triển KH&CN của doanh nghiệp... Sở KH&CN TP.HCM đã hỗ trợ và đồng hành cùng doanh nghiệp trong triển khai các hoạt động nghiên cứu và phát triển công nghệ qua việc hỗ trợ kinh phí thực hiện các đề tài nghiên cứu theo cơ chế đồng đầu tư; hoàn thiện và chuyển giao các kết quả nghiên cứu tốt để doanh nghiệp áp dụng vào hoạt động sản xuất, kinh doanh.

Trong quá trình thực hiện xem xét hồ sơ đăng ký chứng nhận doanh nghiệp KHCN, sở đã hỗ trợ tích cực và hướng dẫn tận tình để doanh nghiệp hoàn chỉnh hồ sơ, hỗ trợ 100% kinh phí cho Hội đồng thẩm định hồ sơ và giải quyết hồ sơ nhanh chóng, đúng thời gian quy định.

Theo Khoa hoc phổ thông