Theo phân công, phân cấp quản lý nhà nước về an toàn thực phẩm (ATTP), Sở Y tế có trách nghiệm quản lý các cơ sở như: Các bếp ăn tập thể công ty, nhà máy, xí nghiệp trong khu công nghiệp, cụm công nghiệp trên địa bàn tỉnh; Các cơ sở kinh doanh dịch vụ ăn uống có Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh do Sở Kế hoạch và Đầu tư cấp. Ngoài ra còn quản lý các cơ sở sản xuất, kinh doanh nước uống đóng chai, nước khoáng thiên nhiên, nước đá dùng liền, nước đá dùng để chế biến thực phẩm (trừ nước đá sử dụng để bảo quản, chế biến sản phẩm thuộc lĩnh vực được phân công quản lý của ngành Nông nghiệp và Phát triển nông thôn).

Bên cạnh đó, Sở Y tế cũng được phân công quản lý cơ sở sản xuất, kinh doanh thực phẩm chức năng, thực phẩm dinh dưỡng y học, thực phẩm dùng cho chế độ ăn đặc biệt, sản phẩm dinh dưỡng dùng cho trẻ đến 36 tháng tuổi, các vi chất bổ sung vào thực phẩm, phụ gia, hương liệu, chất hỗ trợ chế biến thực phẩm, các sản phẩm khác không được quy định tại danh mục của ngành Công Thương, ngành Nông nghiệp và Phát triển nông thôn (trừ các cơ sở do Bộ Y tế quản lý). Hay như các cơ sở sản xuất kinh doanh dụng cụ, vật liệu bao gói, chứa đựng thực phẩm (trừ những dụng cụ, vật liệu bao gói chứa đựng tiếp xúc trực tiếp thực phẩm thuộc thẩm quyền quản lý của ngành Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, ngành Công Thương được sản xuất trong cùng một cơ sở và chỉ để dùng cho các sản phẩm thực phẩm của cơ sở đó).

Đối với Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn sẽ quản lý các cơ sở sản xuất, kinh doanh thực phẩm nông lâm thủy sản. Điển hình như: Cơ sở có Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh do Sở Kế hoạch và Đầu tư cấp; Cơ sở thuộc diện phải có giấy chứng nhận đủ điều kiện an toàn thực phẩm theo quy định tại khoản 1 - Điều 11 Nghị định số 15/2018/NĐ-CP của Chính phủ. Trên lĩnh vực phụ trách, Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn còn quản lý cơ sở đã được cấp một trong các Giấy chứng nhận: Thực hành sản xuất tốt (GMP), Hệ thống phân tích mối nguy và điểm kiểm soát tới hạn (HACCP), Hệ thống quản lý an toàn thực phẩm ISO 22000, Tiêu chuẩn thực phẩm quốc tế (IFS), Tiêu chuẩn toàn cầu về an toàn thực phẩm (BRC), Chứng nhận hệ thống an toàn thực phẩm (FSSC 22000) hoặc tương đương còn hiệu lực...

Cũng theo Quy định, Sở Công Thương có trách nghiệm quản lý ATTP đối với các cơ sở sản xuất, kinh doanh thực phẩm thuộc lĩnh vực Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn phụ trách. Trong đó gồm: Các cơ sở có Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh do Sở Kế hoạch và Đầu tư cấp cũng như thuộc diện cấp Giấy chứng nhận cơ sở đủ điều kiện an toàn thực phẩm theo khoản 1 - Điều 11 Nghị định số 15/2018/NĐ-CP của Chính phủ. Mặt khác tham gia quản lý các cơ sở đã được cấp một trong các Giấy chứng nhận: Thực hành sản xuất tốt (GMP), Hệ thống phân tích mối nguy và điểm kiểm soát tới hạn (HACCP), Hệ thống quản lý an toàn thực phẩm ISO 22000, Tiêu chuẩn thực phẩm quốc tế (IFS), Tiêu chuẩn toàn cầu về an toàn thực phẩm (BRC), Chứng nhận hệ thống an toàn thực phẩm (FSSC 22000) hoặc tương đương còn hiệu lực.

Đối với UBND huyện, thị xã, thành phố, sẽ quản lý các cơ sở kinh doanh dịch vụ ăn uống được cấp giấy chứng nhận đăng ký hộ kinh doanh và các bếp ăn tập thể trong trường học, căn tin trường học, bếp ăn tập thể bệnh viện trên địa bàn. Quản lý ATTP tại lễ, hội, hội chợ trên địa bàn; Các tàu cá có chiều dài từ 6 mét đến dưới 12 mét; Cơ sở sản xuất, kinh doanh thực phẩm nhỏ lẻ thuộc ngành Công Thương quản lý có thực hiện đăng ký hộ kinh doanh; Cơ sở kinh doanh thực phẩm bao gói sẵn; Các cơ sở sản xuất kinh doanh thực phẩm nông lâm thủy sản nêu tại điểm a, b, c, d, đ khoản 1 Điều 12 Nghị định số 15/2018/NĐ-CP (trừ các cơ sở có Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh do Sở Kế hoạch và Đầu tư cấp)...

Ngoài ra, các UBND xã, phường, thị trấn có nhiệm vụ: Tổ chức, điều hành Ban chỉ đạo liên ngành về vệ sinh ATTP cùng cấp; Thực hiện các quy định của Chính phủ, các bộ, ngành liên quan và UBND cấp trên về ATTP; Quản lý các hoạt động kinh doanh thức ăn đường phố cũng như các cơ sở kinh doanh dịch vụ ăn uống không thuộc diện tỉnh, huyện quản lý và các cơ sở kinh doanh dịch vụ ăn uống khác không có Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh. Hướng dẫn, tiếp nhận, xác nhận bản cam kết bảo đảm ATTP đối với các cơ sở quản lý. 

Cùng với đó, tổ chức hướng dẫn, tiếp nhận, xác nhận bản cam kết sản xuất, kinh doanh thực phẩm nông lâm thủy sản an toàn đối với các cơ sở không thuộc diện cấp Giấy chứng nhận cơ sở đủ điều kiện ATTP được quy định tại điểm b khoản 1 Điều 9 Quy định này; Tổ chức hướng dẫn, tiếp nhận, xác nhận Bản cam kết đảm bảo ATTP đối với các cơ sở sản xuất, kinh doanh thực phẩm ngành Công Thương không thuộc đối tượng cấp Giấy chứng nhận cơ sở đủ điều kiện ATTP thuộc thẩm quyền quản lý. Ngoài ra, phía UBND xã, phường, thị trấn cũng thực hiện tổng hợp, báo cáo tình hình ATTP trên địa bàn cho UBND cấp huyện theo định kỳ hàng tháng, hàng quý, 6 tháng, 1 năm hoặc đột xuất;  Tổ chức thực hiện công tác thông tin, tuyên truyền, phổ biến kiến thức, pháp luật về ATTP cho người dân trên địa bàn. Thực hiện công tác kiểm tra ATTP đối với các cơ sở thuộc phạm vi quản lý của tuyến xã.